北京化工大学卓越工程师学院由学校与行业龙头企业（如中石化、中石油、中国化学、中国中化、国能、国药、军工集团等）共同建设，实行理事会负责制。

理事会下设校企招生委员会、联合培养委员会、管理委员会，共同研究讨论并决策相关事宜。

校企联合招生委员会：负责研究决策生源选拔标准及复试、录取相关事宜。

联合培养委员会：负责研究生课程体系的构建、教学团队的组建、教学实践质量及双导师工作的监管及考评等。

管理委员会：负责学院校地合作、研究生联合培养等基地建设等相关事宜。

首批理事单位

北京化工大学

中国石油化工集团有限公司

中国石油天然气集团有限公司

中国医药集团有限公司

中国五矿集团有限公司

中国化学工程集团有限公司

中国中化控股有限责任公司

中粮集团有限公司

北京新能源汽车股份有限公司

华润（集团）有限公司

东旭集团有限公司

中策橡胶集团股份有限公司